тогда верните как было, хотя в принципе особой разницы нет
здесь нет ничего, что влияло бы на двойное преобразование
получается, либо на самом сервере какая-то настройка такое дает
либо где-то в коде вашего движка
но вроде все доступные в коде места, где такое могло быть, просмотрели
еще, в виде эксперимента - попробуйте в файле system\library\request.php
заменить строку
$data = htmlspecialchars($data, ENT_COMPAT, 'UTF-8');
на
$data = htmlspecialchars($data, ENT_COMPAT, 'UTF-8', false);
потом создайте новую статью в админке, с кавычками и тд, сохраните и посмотрите