Удалить модификатор модуля.
Удалить файлы модуля (автоматически сделать это не получится, придется сравнивать с файлами модуля которые он добавил).
Так же модуль может создавать таблицы в базе данных.
После обновить кеш мофидикаторов и если все сделали правильно, то все будет хорошо.
Но в целом, лучше перед любыми вмешательствами в сайт делать бекап и тогда при необходимости отката изменений достаточно просто восстановиться.