Согласен, в 1С обычно творится бардак, и в артикулах тоже. Поэтому в моём модуле связь по коду номенклатуры.
Каталоги я рекомендую исправлять ещё на стадии добавления товаров на сайт. Но можно добавить "как есть", а потом исправить как надо инструментами OpenCart, это тоже не повлияет на дальнейшую синхронизацию.
Насчёт экспериментов вполне вас понимаю.
Подробная документация на сайте модуля: https://sync1c.ru/doc/toc.html