Тут не совсем подходит термин "Выбрать".
Саму выборку тут не надо трогать. Надо просто в цикле перебора добавить проверку, есть ли опции по нужному критерию.
И если есть, то передать этот признак в шаблон.
В контроллере товара после строки:
$data['options'] = array();
Добавляем:
$data['options_some_group'] = false;
Это мы сбросили признак, перед началом перебора.
Потом перед вот этой строкой:
foreach ($option['product_option_value'] as $option_value) {
Добавляем нужное условие:
if ($option['type'] == 'checkbox' && in_array($option['option_id'], array(1,2,3))) {
$data['options_some_group'] = true;
}
И взводим наш признак по нужному условию.
В примере признак будет выставлен, если есть опции с типом 'checkbox' и option_id попадает в массив array(1,2,3)
Тут, естественно, надо условие заменить на своё.