Проблему решили. Отпишусь о результате, вероятно, кому-то будет полезно.
Нажатие этой кнопки из-за бага конкретно нашей системы или Опенкарта в общем привело к удалению всех файлов из директории storage/modification. Восстановили эти файлы из бэкапа и все полностью восстановилось.
Выводы:
1. Не нажимать эту кнопку
2. Всегда иметь бэкапы
3. Размещаться на хорошем хостинге.
