пробуйте менять часть
{% if child.sub_children %}
<li class="dropdown-submenu level-2">
<a href="{{ child.href }}">{{ child.name }}</a>
<ul class="dropdown-menu">
{% for sub_child in child.sub_children %}
<!--<li class="level-3"><a href="{{ sub_child.href }}" >{{ sub_child.name }}</a></li>-->
{% endfor %}
</ul>
</li>
{% else %}
<li class="level-2"><a href="{{ child.href }}">{{ child.name }}</a></li>
{% endif %}
на
<li class="level-2"><a href="{{ child.href }}">{{ child.name }}</a></li>
и кеши модификаторов/шаблона не забудьте потом обновить
Пост AlexDW - сообщение в скрыть меню третьего уровню был отмечен как ответ