Заплатите от 1000 до 3000 р специалисту, он Вам настроит все. Роботс у Вас вполне нормальный, не много там всего, а вполне обычный он. Остальные настройки делаются уже индивидуально под каждый сайт. Вы особо то и информации ни какой не дали, ни ссылок, которые вылазят дублями, ни того, что говорит Вам Яндекс, хоть бы выгрузили его отчет и приложили, чтобы что-то можно было сказать.
С той информацией что есть, просто заплатите деньги на коворке и Вам все сделают.