Не, не готов вникать в конкретный сайт, но Вам необходимо вникнуть самостоятельно, как у Вас связались карточки (что за модуль) и, что с Url подчиненных товаров (они тоже ж идут в индекс!?) в этих связках.
Я почему про HPM, потому что там есть 301 редирект на родительскую карточку, затем уже родительскую карточку "точите" - улучшаете описание, текст и тд. - отправляете на переиндексацию, после этого, наверняка, примет.
И в веб-мастере Вы же сделали на каждый город сайт в соответствии с поддоменом?