вы ищете и заменяете полный текст sql-запроса. возможно каким-то другим модификатором он уже был изменен, поэтому модификация не работает и добавление в базу значений ваших полей в итоге не прописано.
заменяйте не полностью запрос, а его небольшую часть, например
description = '" . $this->db->escape($value['description']) . "',
на
description = '" . $this->db->escape($value['description']) . "', head_description = '" . $this->db->escape($value['head_description']) . "', footer_description = '" . $this->db->escape($value['footer_description']) . "',