Ваш текст явно показывает, что вы только начинаете разбираться с процессом разработки на OpenCart, и это нормально. Но нужно сразу отметить несколько ключевых проблем.
Во-первых, структурность вашего изложения оставляет желать лучшего. Это больше похоже на поток сознания, чем на чёткий план действий. Если вы хотите, чтобы кто-то воспринял ваши идеи серьёзно, начните с того, чтобы чётко сформулировать, что именно вы пытаетесь решить.
Во-вторых, подход к использованию Git у вас какой-то размазанный. Коммитить прямо в мастер — это не вариант для серьёзного проекта, особенно если в будущем планируете работать в команде. Git Flow или хотя бы простой Feature Branch Workflow — минимально необходимая схема для хоть какого-то порядка.
По поводу работы с БД и предложенного вами skeema. Идея отслеживать состояние схемы данных понятна, но её реализация вызывает сомнения. Если вы уже столкнулись с проблемами миграций, возможно, стоит рассмотреть более проверенные инструменты, которые действительно работают, а не изобретать велосипед.
Ваш подход к .gitignore вроде понятен, но нужно более чётко понимать, какие конкретно файлы должны быть исключены, и какие включены. Это вопрос базового знания Git, который стоит подтянуть.
И по поводу CI/CD. Да, GitHub Actions — это круто, но на данный момент ваши задачи, похоже, не требуют такой сложности. Разберитесь сначала с базовыми вещами, такими как миграции БД и нормальная работа с Git, а потом уже думайте об автоматизации.
Про модификаторы, хранящиеся в БД. Да, это неудобно, и вы правы, что это «жуткая матрёшка». Но это особенность OpenCart, и пока что лучше просто смириться с этим или искать сторонние решения, которые упрощают этот процесс. Ваше предложение — что-то делать вручную и контролировать это — не выдерживает критики.
В общем, пока ваши идеи выглядят сырыми и не до конца продуманными. Прежде чем предлагать что-то команде или сообществу, приведите свои мысли в порядок и определитесь с основными приоритетами.