Вот так примерно должна выглядеть секция /
location / {
index index.php index.html;
if (!-e $request_filename){
rewrite ^/(.+)$ /index.php?_route_=$1 last;
}
location ~ ^/(index|admin/index|install/index)\.php {
try_files /does_not_exists @php;
}
location ~* \.(php|log|tpl|txt|twig|xml|ini)$ {
deny all;
}
location ~ /\. {
deny all;
}
location ~ ^/system/ {
deny all;
}
location = /robots.txt {
allow all;
}
}