Библиотека ЧПУ не подключает никакие контролеры.
По значениям в ссылках формируется нужные get параметры, а потом идёт выполнение дальше.
И движок уже по нужному route выполняет нужный контроллер.
Вот часть кода, которая потом по параметрам прописывает нужный route:
Это из файла: catalog/controller/startup/seo_url.php
Но у вас ЧПУ может формироваться и другой библиотекой, тут уже зависит от используемой сборки и сторонних модулей.