Здравствуйте
модуль здесь ни при чем
и вот почему:
1. встроенный в Opencart 3x деинсталлятор для удаления файлов дополнений берет данные из таблицы oc_extension_path
2. данные о файлах попадают в эту таблицу при установке дополнения только когда файл/папка есть в архиве и при этом его еще нет в каталоге движка
файл admin/view/template/common/header.twig является штатным файлом движка
и его отсутствие сразу бы привело к неработоспособности админки
соответственно, искать проблему нужно в других используемых дополнениях / правках кода движка или БД
тем более что данный патч НЕ удаляет файлы, а наоборот - проверяет их на уникальность и ЗАПРЕЩАЕТ удаление, если файл/папка используются еще каким-то другим дополнением кроме удаляемого